Процесс формирования тканей и органов, который активно начался на третьей и четвертой неделях после оплодотворения, продолжается и на протяжении второго месяца эмбриогенеза.

На пятой неделе из клеток мезодермы начинают формироваться такие органы, как печень и поджелудочная железа, а также щитовидная железа и легкие.
Из мезодермы же на этом сроке образуется прообраз сердца плода. Поскольку сердце - орган непарный, то, подчиняясь закону двусторонней симметрии, оно формируется из двух симметричных листков клеток, дающих начало развитию правых и левых отделов сердца. Постепенно эти структуры сближаются и сливаются в один целостный орган, который к концу пятой недели эмбриогенеза начинает пульсировать. Таким образом, на этом этапе развития у эмбриона уже может быть определено сердцебиение при условии исследования высокочувствительными методами.

Продолжается процесс смыкания нервной трубки, который начался на четвертой неделе развития. Нервная трубка тянется вдоль всего тела эмбриона, и в ее строении уже отмечаются существенные перемены. Это уже не гладкая структура, а образование, имеющее несколько выпуклостей – так называемых мозговых пузырей, дающих начало развитию различных отделов головного мозга.

С развитием нервной трубки тесно связан процесс формирования внутреннего уха и глаз – на пятой неделе начинают выделяться группы клеток, которые в последующем дадут развитие этим органам чувств.

На этой же неделе продолжается формирование кровеносных сосудов, в частности сосудов пуповины, и к тому моменту, когда сердце эмбриона начинает пульсировать, образуется замкнутый круг кровообращения через сердце и желточный мешок, являющийся органом резервного питания эмбриона.
Одновременно с этим начинается формирование внешних дыхательных путей, в том числе трахеи и гортани.

К концу пятой недели происходит удивительное событие – формируются гонобласты эмбриона – предшественники половых клеток (сперматозоидов у мальчиков и яйцеклеток у девочек). На этом столь раннем этапе уже имеются зачатки будущих детей этого, еще не родившегося человека.